Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 95» образовалась в 2003 году в результате реорганизации двух городских школ № 182 и № 178 путём их слияния (Постановление Администрации ЗАТО г. Железногорск №20-10/403 от 05.06.2003г., учредитель школы №95 – Администрация ЗАТО г. Железногорск). Это слияние не носило формальный характер, так как коллективы этих двух школ были участниками проекта «Сетевое взаимодействие образовательных учреждений в рамках, ЗАТО Железногорск» со статусом Федеральной экспериментальной площадки.

Педагогические коллективы школ работали в разных образовательных парадигмах. В школе № 182 реализовывались проекты индивидуально-ориентированного образования, проводилась апробация «развивающего обучения», внедрялись методики КСО, школа носила статус федеральной экспериментальной площадки по внедрению индивидуальных учебных планов и сетевому взаимодействию с другими образовательными учреждениями. Школа № 178 имела связи с Высшей школой, на её базе был размещён филиал КрасГАСа, в образовательный процесс школы внедрялись информационные технологии.

Поэтому совместная деятельность начиналась с установления общего и смыслового поля, общего понимания целей и задач учреждения, выстраивания традиций. Была разработана Программа адаптации, которая была завершена в 2007 году, а совместное участие в проекте сетевого взаимодействия позволило в достаточно короткие сроки создать работоспособный, творческий коллектив, объединить опыт и традиции двух старейших школ города.

Первый директор  Тамара Ивановна Куликовская, Отличник народного образования, Ветеран труда. Действующий директор Дмитрий Владимирович Протопопов, Почётный работник общего образования Российской Федерации, победитель конкурса лучших учителей Красноярского края 2008 и 2011 г.г., победитель конкурса лучших учителей Российской Федерации 2009 и 2011 г.г. (в рамках приоритетного национального проекта «Образование»), лауреат II Всероссийского конкурса «100 лучших школ России» (номинация «Директор года – 2014»).

Школа 95 сегодня  -  это динамично развивающееся учреждение. Педагогический коллектив школы активно внедряет в образовательный процесс новую педагогическую технологию, авторами которой являются учителя школы – «Проектно – исследовательская деятельность как средство развития личности в образовательном пространстве школы». В основе технологии – деятельностный подход и событийно - ситуационная форма работы. Главная задача – создать ситуацию успеха для ребёнка, как импульсную точку для его развития и личностного роста. Педагогический коллектив МБОУ Школа №95 придерживается идеи разумного внедрения в образовательный процесс педагогических новинок при  сохранении лучших традиций Российского образования. Перед внедрением в образовательный процесс инноваций они проходят апробацию в рамках творческих экспериментальных площадок, действующих на базе школы:

- ЭП ФГАУ «Федеральный институт развития образования» (г. Москва). Развитие сетевого образования. Усиление профориентационной работы в школе. Внеурочная деятельность. Стартапы.

- Региональная инновационная площадка Красноярского края "Согласие". Школьная медиация. Новые формы предотвращения перерастания конфликтов в правонарушения. Работа школьной службы примирения "Согласие".

- ТЭП «Школьный университет». Совместная программа Открытого молодёжного университета (г. Томск) и школы №95. Апробация инновационных технологий организации образовательного процесса. Создание условий для развития будущего IT -  поколения.

-   ТЭП «Расту здоровым!». Совместная площадка Клинической больницы №51 и школы №95. Апробация новых подходов к здоровьесбережению детей при осуществлении образовательного процесса.

- ТЭП «Безопасная дорога». Совместная площадка ОГИБДД г. Железногорска и школы №95. Апробация новых подходов к формированию у ребёнка основ безопасного поведения.

Для повышения качества образовательного процесса и совершенствования материально – технической базы школа №95 в системе принимает активное участие в грантовых конкурсах:

- Международный конкурс «Православная инициатива». Поддержка реализации гражданско –патриотического направления воспитательной компоненты. Создание школьного музея Великой Отечественной Войны. Грант на развитие – 300000 рублей.

- Всероссийский конкурс «Школа Росатома». Импульсная точка для внедрения проектно – исследовательской технологии. Грант на развитие – 300000 рублей.

- муниципальный конкурс проектов «ТОП – 20 ГХК». Усиление воспитательной компоненты. Создание молодёжной творческой студии. Создание школьной видеостудии. Грант на развитие – 100000 рублей.

- муниципальный конкурс «Конкурс социальных проектов». Развитие социально – психологической службы. Создание школьной службы примирения. Грант на развитие – 50000 рублей.

    В 2014 году школа №95 стала лауреатом конкурса «100 лучших школ России» и вошла в ТОП 100 лучших школ страны, получив золотую медаль конкурса. Независимый общественный совет, определявший лауреатов конкурса, возглавлял заместитель председателя Комитета Государственной Думы РФ по образованию В.Е. Шудегов.

   В 2015 году Школа №95 стала лауреатом Общероссийского конкурса профилактических программ в сфере охраны психического здоровья детей и подростков "Здоровое поколение". Для участия в конкурсе необходимо было описать структуру и деятельность социально-психологической службы примирения (медиации) "Согласие".